在生物反应器中,生物化学反应是依靠微生物的代谢活动而进行,这就要使微生物不断接触新的食物｡在分批投料发酵时,搅拌是使微生物与食物接触的有效手段,而在连续投料系统中,特别是高浓度产气量大的原料,在运行过程中由于进料和产气时气泡形成和上升过程所造成的搅拌则构成了食物与微生物接触的主要动力｡

在成批投料消化器里,发酵料液通常自然沉淀而分成4层,如下图：

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从上到下分别为浮渣层､上清液､活性层和沉渣层｡在这种情况下,厌氧微生物活动较为旺盛的场所只限于活性层内｡而其它各层或因可被利用的原料缺乏,或因条件不适宜微生物的活动,使厌氧消化进行缓慢｡因此,在这类消化器里,大家对采用搅拌措施来促进厌氧消化过程的进行意见是基本一致的｡认为对消化器进行有限的搅拌,可使微生物与发酵原料充分接触,同时打破分层现象,使活性层扩大到全部发酵液内｡此外,搅拌尚有防止沉渣沉淀,防止产生或破坏浮渣层,保证池温均一,促进气液分离等功能｡但对搅拌的程度与强度,尚存在不同的观点｡